โรงเรียนบ้านบือแนนากอ ตั้งอยู่หมู่ที่ 6 ตำบลตะมะยูง อำเภอศรีสาคร จังหวัดนราธิวาส ได้ดำเนินการสร้างโดยราษฎรบ้านบือแนนากอและบ้านทำนบ  จากการนำ  ของนายอาแว  โต๊ะแมกำนันตำบลตะมะยูง  และนายเลาะหะนิ  อาแด  สารวัตรกำนัน  ร่วมกันสร้างเป็นอาคารชั่วคราวหลังคามุงสังกะสี  ในที่ดินของพ่อนายมะยูนุ๊  ตะมะยูง  บนเนื้อที่  1  ไร่  20    ตารางวา  เปิดสอนครั้งแรก เมื่อวันที่  2  ตุลาคม  พ.ศ.2502  โดยมี  นายสมศักดิ์  สุวรรณโชติ  เป็นครูคนแรก  สอนจนถึง  พ.ศ.2504จึงย้ายไป  นายบุญเลิศ  แสงอริภิบาล  ครูโรงเรียนบ้านบริจ๊ะ  มาสอนทำการสอนอยู่  2 ปี  จึงลาออกไปประกอบอาชีพส่วนตัว  นายประโชติ  พิชัยสมบูรณ์  ครูโรงเรียนบ้านคอลอกาเว  มาช่วยสอนชั่วคราว  ต่อมา  นายประโชติ ฯ  ได้ย้ายไปสอนที่โรงเรียนบ้านยือลาแป  ทำให้โรงเรียนไม่มีครูสอน  จึงต้องหยุดการเรียนการสอนชั่วคราว   

พ.ศ.2506  หน่วยพัฒนาการเคลื่อนที่  ที่ประจำอยู่ที่คอลอกาเว  ได้จัดสร้างอาคารเรียน  วาตภัย   และบ้านพักครูให้  

พ.ศ.2507  นายวสันต์  กูจิ    ครูโรงเรียนบ้านไอร์กลูแป  มาช่วยสอน  ต่อมาได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งครูใหญ่  ตั้งแต่วันที่  30  สิงหาคม  พ.ศ.2508  ถึงวันที่  9  พฤศจิกายน  พ.ศ.2510

ปีการศึกษา  2509  โรงเรียนได้งบประมาณจัดสร้างอาคารถาวร ป.1.ก. จำนวน 1  หลัง

วันที่  10  พฤศจิกายน  พ.ศ.2510  นายสถิต  ใบสันต์  ครูโรงเรียนบ้านดาฮง  ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง  ครูใหญ่  ถึงวันที่  22  ธันวาคม  2512 

วันที่  23  ธันวาคม  พ.ศ.2512  ครูช่วยสอนโรงเรียนบ้านบากง  นายเกียรติศักดิ์  เจ๊ะเลาะ ครูโรงเรียนบ้านท่าเรือ  ย้ายมาสอน  และนายเกียรติศักดิ์ ฯ  ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง  ครูใหญ่ ถึง  วันที่  2  มิถุนายน  พ.ศ.2515 

วันที่  3  มิถุนายน  พ.ศ.2515  นายเจริญ  ขาวหนู  ครูโรงเรียนบ้านบือแนนากอ  ได้รับแต่งตั้ง ให้ดำรงตำแหน่ง  ครูใหญ่  ถึงวันที่  2  สิงหาคม  พ.ศ.2524

วันที่  3  สิงหาคม  พ.ศ.2524  นายอิน  บกเขาแดง  ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง  ครูใหญ่ ถึงวันที่  26  พฤศจิกายน  พ.ศ.2529

วันที่  27  พฤศจิกายน  พ.ศ.2529  นายสมพร  ศรีสุวรรณ  ครูใหญ่  โรงเรียนประชาวิทย์รังสรรค์  ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง  ครูใหญ่  ถึงวันที่  22  กรกฎาคม  พ.ศ.2533

วันที่  23  กรกฎาคม  พ.ศ.2533  นายมุสตอปา  ยะโก๊ะ  ครูใหญ่โรงเรียนบ้านดาฮงได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง  ครูใหญ่  ถึงวันที่  17  มีนาคม  พ.ศ.2537

วันที่  18  มีนาคม  พ.ศ.2537  นายชัยวัฒน์  สุเมธาวิวัฒน์  ครูโรงเรียนบ้านพนาทักษิณได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง  ครูใหญ่  ถึงวันที่  31  สิงหาคม  พ.ศ.  2548

วันที่  1  กันยายน  พ.ศ.2548  นางสาวชูศรี  อนันตรานนท์  ครู  โรงเรียนบ้านบือแนนากอ  รักษาการในตำแหน่ง  ผู้อำนวยการโรงเรียน  ถึงวันที่  22  กันยายน  พ.ศ.2548ปีการศึกษา  2539  โรงเรียนได้เปิดสอนระดับอนุบาลศึกษา  และประถมศึกษาปีที่  5  เป็นครั้งแรก

วันที่  23  กันยายน  พ.ศ.2548  นายดุลยฤทธิ์  มาเส็ม  เจ้าหน้าที่บริหารการศึกษาขั้นพื้นฐาน  สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษานราธิวาส  เขต 1  รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน ถึงวันที่  31  มีนาคม  พ.ศ.2549

วันที่  1  เมษายน  พ.ศ.2549  นางสาวชูศรี  อนันตรานนท์  ครู  โรงเรียนบ้านบือแนนากอ  รักษาการในตำแหน่ง  ผู้อำนวยการโรงเรียน  ถึงวันที่  11  พฤษภาคม  พ.ศ. 2551

วันที่  12  พฤษภาคม  พ.ศ. 2551  นางนัยนา  รอดแถม  ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน 12  พฤศจิกายน  พ.ศ. 2551

วันที่ 13  พฤศจิกายน พ.ศ. 2551 นางชูศรี   แก้วปรางค์  ครูโรงเรียนบ้านบือแนนากอ รักษาการในตำแหน่ง  ผู้อำนวยการโรงเรียน  ถึงวันที่  24 พฤษภาคม  2552 

วันที่  25  พฤษภาคม  พ.ศ. 2552  นายกริชชัย  ลุโบะกาแม  ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน    ถึง  16  พฤศจิกายน   2552

วันที่ 17  พฤศจิกายน พ.ศ. 2552 นางชูศรี   แก้วปรางค์  ครูโรงเรียนบ้านบือแนนากอ รักษาการในตำแหน่ง  ผู้อำนวยการโรงเรียน  ถึงวันที่  10  สิงหาคม  พ.ศ.  2554 

วันที่ 10  สิงหาคม พ.ศ. 2553  นางสาวสุวิมล  สุขจิตร  รองผู้อำนวยการโรงเรียนมะรือโบออกมิตรภาพที่  9 ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านบือแนนากอ
ถึงวันที่  11   ตุลาคม  พ.ศ.  2555 

วันที่  12   ตุลาคม  พ.ศ.  2555  นางสาวนาซีฮะ  แต  ครูโรงเรียนบ้านบือแนนากอ  รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านบือแนนากอ  ถึงวันที่  24  กันยายน  พ.ศ. 2558

วันที่  25   กันยายน  พ.ศ. 2558 นางสาวนูรียะห์  แวบือราเฮง  ครูโรงเรียนอนุบาลยะรัง ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านบือแนนากอ  จนถึงวันที่  20  ตุลาคม  พ.ศ. 2559

วันที่  21  ตุลาคม  พ.ศ. 2559  นางสาวนาซีฮะ   แต ครูโรงเรียนบ้านบือแนนากอ รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านบือแนนากอ จนถึงวันที่  22  ธันวาคม   พ.ศ. 2559

วันที่  23  ธันวาคม  พ.ศ. 2559 นายซากัรตา   สาแม  ครูโรงเรียนเรียงราษฎร์อุปถัมภ์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านบือแนนากอ  จนถึงปัจจุบัน